1. 类型不同

工程硕士是学术型硕士，工程硕士是专业型硕士。

学位包括：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学。专业学位包括：工商管理硕士（MBA）、法学硕士、公共管理硕士、教育硕士、公共卫生硕士、体育硕士、软件工程硕士、工程硕士、会计硕士、建筑学、临床研究硕士、文学硕士、风景园林硕士、农业推广专业硕士、兽医专业硕士等。

2、培养方向不同

全日制学术型硕士教育注重培养教学科研人才，授予学位类型以学术学位为主； GCT专业硕士学位是具有专业背景的硕士学位，为培养特定职业的高层次专门人才而设立。全日制专业硕士学位是国家为克服学术型硕士学位的缺点而新增加的新型硕士学位。培养目前市场紧缺的应用型人才。

3、录取条件不同

全日制学术型硕士学位不要求申请人具有一定年限的工作经验。 GCT专业硕士学位要求申请者具有一定年限的工作经验。大多数专业硕士学位还要求在职人员取得所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至需要所在单位的推荐。 2009年1月国家新推出的全日制专业硕士学位不需要工作经验。招生条件与原学术型硕士学位相同。应届毕业生均可申请。

4. 入学考试不同

全日制学术型硕士学位招生考试只是年初的“统一考试”，而统一考试以外的专业考试则由各招生单位自行设置和评分。专业硕士招生考试有两次机会：10月份的“联考”和年初的“统考”。考生可以自行选择。这两项国家级考试的专业考试也是由各招生单位自行设置和评分。 GCT非全日制硕士学位10月进行联考。全日制专业硕士学位的考试时间与原全日制学术型硕士学位的考试时间相同。初试时间为每年一月。

5、录取难度不同

全日制学术型硕士学位全国统一硕士研究生入学考试（统一考试）完全代表了严入学、宽出口。据统计，2005年研究生考试报考人数为117万人，招生人数仅为32万人，录取比为37:1。北大、清华、复旦等知名大学，以及微电子、信息科学、生物医学、世界经济、国际金融等热门专业，由于报考人数较多，录取率较低。据了解，一些名校热门专业的录取比例甚至达到70:1。但二流学校的一些冷门专业每年都招不到满员。因此，录取难度取决于考生申请的学校和专业。

6. 文凭的授予方式不同

全日制学术型硕士学位与学位、学历证书同时授予。大多数GCT专业硕士学位只颁发学位证书，不颁发学历证书。但也有例外，如工商管理硕士、法学硕士、临床医学硕士、建筑学硕士等，同时颁发学位和学历证书。全日制专业硕士学位与学位、学历证书同时授予。

7、认可程度不同